Mọi năm, sau khi chủ sự Thánh lễ cầu nguyện cho các tín hữu đã qua đời, Đức Thánh Cha thường xuống hầm mộ trong đền thờ thánh Phêrô, nơi có mộ của nhiều vị Giáo hoàng, để cầu nguyện cho các Giáo hoàng đã qua đời. Thường khoảnh khắc cầu nguyện này diễn ra buổi chiều tối, vì Đức Thánh Cha cử hành Thánh lễ vào buổi chiều, nhưng năm nay ngài chủ sự Thánh lễ vào lúc 10 giờ sáng tại nghĩa trang quân đội Pháp ở Roma, vì vậy sau khi trở về Vatican Đức Thánh Cha xuống kính viếng và cầu nguyện cho các Giáo hoàng tại hầm mộ.
Lần đầu tiên trong tư cách là Giáo hoàng, Đức Thánh Cha Phanxicô xuống hầm mộ các Giáo hoàng không phải là ngày lễ cầu nguyện cho các linh hồn, nhưng vào ngày 01/04/2013, thứ Hai trong tuần Bát nhật Phục sinh. Ngài xuống để bày tỏ lòng kính mến trước hết đối với thánh Phêrô, và tiếp đến là Đức Giáo Hoàng Biển Đức XV, Đức Piô XI, Piô XII, Phaolô VI và Gioan Phaolô I.
Hầm mộ các Giáo hoàng không thực sự là hầm mộ như các hầm mộ khác. Phần các mộ dài 30 mét nằm phía dưới đền thờ thánh Phêrô, bao gồm bàn thờ chính và khoảng một nửa của gian giữa. Chúng được chia thành các hầm mộ cũ, gồm một hệ thống các hành lang và các tường nền của một nhà thờ ba gian, và hầm mộ mới có các nhà nguyện nơi chôn cất các Giáo hoàng. Ở trung tâm của hầm mộ mới là nhà nguyện thánh Phêrô, nằm dưới bàn thờ chính của đền thờ.