Tuy trong di chúc tinh thần viết năm 2006, Đức nguyên Giáo Hoàng không nói đến điều này, nhưng ngài đã bày tỏ ước muốn đó với Đức Hồng Y Angelo Comastri, bấy giờ là Giám Quản Đền thờ Thánh Phêrô, và vì thế ước nguyện này đã được tôn trọng.
Phần hầm mộ này ở 3 mét bên dưới gian chính của Đền thờ, và quan trọng nhất là mộ Thánh Phêrô Tông Đồ ở bên dưới bàn thờ chính, cũng gọi là Bàn thờ Tuyên Xưng đức tin, nơi Đức Giáo Hoàng và các Hồng Y được phép của ngài vẫn cử hành thánh lễ.
Thực ra phần này là một thánh đường chiếm không gian giữa nền Đền thờ hiện nay và Vương cung thánh đường đã kiến thiết theo lệnh của Hoàng đế Constantino hồi năm 322. Hiện nay có 23 vị Giáo Hoàng đang nghỉ tại khu vực này, cùng với một chức sắc cấp cao của Giáo Hội cùng với vài vị vua và hoàng hậu Công Giáo.
Các tín hữu hành hương và du khách, sau khi kính viếng Đền Thờ Thánh Phêrô ở phần trên, thường đi xuống hầm Đền Thờ, để đến gần Mộ Thánh Phêrô để cầu nguyện. Trước Mộ này cũng có một bàn thờ và các hàng ghế, có thể chứa được gần 100 người, nơi các đoàn Giám Mục thường cử hành thánh lễ khi về Roma viếng mộ hai thánh Tông Đồ và thăm Tòa Thánh.
Vào mỗi dịp lễ Các Linh Hồn, các vị Giáo Hoàng cũng thường xuống hầm này để viếng và cầu nguyện tại mộ các vị Giáo Hoàng.
Mộ Đức Biển Đức XVI hiện nay trước đây là nơi an nghỉ của Đức Gioan Phaolô II từ sau khi ngài qua đời hồi tháng 4 năm 2005. Hồi đó, mộ của ngài trở thành nơi hành hương của đông đảo các tín hữu, có những kỳ đông đảo đến độ họ phải xếp hàng đi qua gần đó chứ không được dừng lại, để khỏi cản trở những người khác đứng sau. Khi ngài được tôn vinh trên bàn thờ, với lễ phong hiển thánh năm 2014, thì di hài ngài được chuyển lên Đền Thờ, và tiếp tục được các tín hữu đến kính viếng. Người ta chờ đợi xem các tín hữu có đến viếng mộ của Đức Biển Đức nhiều không.
Các vị được an táng tại hầm
Như vừa nói, hiện có 23 vị Giáo Hoàng được an táng tại hầm Đền Thờ Thánh Phêrô, trong số này có Đức Giáo Hoàng Grêgôriô V sống vào cuối thế kỷ thứ 10 (973-999), qua đời năm 999, lúc mới 26 tuổi sau 3 năm làm Giáo Hoàng, vị đầu tiên người Đức; Đức Adriano IV (1154-59), vị Giáo Hoàng duy nhất người Anh, sống vào thế kỷ 12, Đức Bonifaxio VIII (1294-1303), sống vào thế kỷ 14.
Hầu hết các vị Giáo Hoàng của thế kỷ 20 đều được an táng tại tầng hầm này: Đức Giáo Hoàng Biển Đức XV, Đức Piô XI, Piô XII, Thánh Phaolô VI, Gioan Phaolô I, và nay đến lượt Đức Biển Đức XVI.
Các Giáo Hoàng an táng nơi khác
Tuy nhiên, không phải Giáo Hoàng nào cũng muốn an nghỉ tại đây. Ví dụ Đức chân phước Giáo Hoàng Piô IX (1846-78), cai quản Giáo Hội trong 32 năm và qua đời năm 1878, yêu cầu được an táng tại Đền Thờ thánh Lorenxô ngoại thành, cạnh nghĩa trang Campo Verano, nghĩa trang chính của thành phố Roma. Cả vị kế nhiệm là Đức Giáo Hoàng Lêô XIII (1878-1903), qua đời năm 1903, yêu cầu được an táng tại Đền Thờ Thánh Gioan Laterano, giống như trường hợp Đức Silvestro II (999-1003) 1 ngàn năm trước đó.
Hai vị Giáo Hoàng gần đây, như Đức Gioan XXIII và Gioan Phaolô II như vừa nói, ban đầu cũng an nghỉ tại hầm Đền Thờ, rồi được chuyển lên Đền thờ.
Cũng có một số vị không phải là Giáo Hoàng cũng được an táng tại Đền Thờ Thánh Phêrô như Đức Hồng Y Raphael Merry Del Val, người Bỉ, Quốc vụ khanh Tòa Thánh thời thánh Piô X Giáo Hoàng, hoặc hai vị hoàng hậu Công Giáo: Carolina I (1458-64) của nước Cipro hồi thế kỷ 15, và Cristina (1632-54) của Thụy Điển hồi thế kỷ 17, cũng như Ông Hoàng James Edward Stuart (1688-1766) của Anh quốc, hồi thế kỷ 17 và 18 cùng với hai người con.
Khai quật nền Đền Thờ Thánh Phêrô
Chính Đức Piô XII, vào năm 1939, tức là năm thế chiến thứ hai bùng nổ, đã ra lệnh khởi sự công cuộc khai quật dưới Đền thờ thánh Phêrô chừng 10 mét. Đây là một công trình khá nguy hiểm, nên gây ra nhiều tranh luận vì người ta bắt đầu đào ở ngay dưới những cột trụ chống đỡ cho vòm đền thờ cao 142 mét. Công cuộc đào bới cho thấy nhiều chi tiết về thành phố Roma dưới thời các tín hữu Kitô đầu tiên. Có những con đường nhỏ nối với các mộ và những mộ này có mặt tiền giống như những cái nhà vậy. Tại nghĩa trang ở đồi Vatican có chôn cất tất cả là 165 người, trong số đó nhiều người là nô lệ đã được phóng thích và có một số tín hữu Kitô nữa. Có một mộ có bia ghi rằng đây là nơi an táng một tín hữu Kitô 31 tuổi 4 tháng 10 ngày và 3 giờ.
Có một mộ khác mang bằng chứng quan trọng cho thấy thánh Phêrô đã được an táng tại đây. Mộ đó có hàng chữ “Xin thánh Phêrô cầu nguyện với Chúa Giêsu Kitô cho những người đạo đức ở cạnh ngài đây”.
Kết quả tìm kiếm
Sau 10 năm tìm kiếm, năm 1950, Đức Piô XII loan báo là đã tìm được mộ của thánh Phêrô. Tuy nhiên, chỉ có một số dấu hiệu ghi trên mộ chứ không có hài cốt trong đó. Mãi tới năm 1952, người ta mới khám phá ra là khi khai quật mộ thánh Phêrô, có hài cốt trộn lẫn với đất và một công nhân bấy giờ đã đặt vào một chiếc hộp để giữ an toàn. Năm đó cũng là năm bà Margherita Guarducci, giáo sư khảo cổ, chuyên tìm hiểu về vấn đề này trong 40 năm trước đó, bắt đầu nghiên cứu về mộ và hài cốt của thánh Phêrô. Bà là một người ngoại giáo trở lại Công Giáo. Sau khi xem xét 135 chiếc xương với đất, bà cho biết hài cốt ấy được bọc trong một chiếc vải màu đỏ sậm có thêu chỉ vàng. Đó là xương của một người tuổi vào khoảng 60 tới 70, từng sống ngoài trời nhiều. Bà cũng xác tín đó là hài cốt của thánh Phêrô, và bên trên cửa mộ có chữ viết bằng tiếng hy lạp không đầy đủ. Đó là câu: PETR… ENI, và theo bà Guarducci, câu này chắn chắn có nghĩa là “Phêrô ở tại đây”.
Bà Margherita Guarducci đã xuất bản nhiều sách và quả quyết là có nhiều bằng chứng cho thấy những hài cốt tìm được trong cuộc khai quật dưới đền thờ thánh Phêrô là xương của thánh tông đồ. Chính Đức Phaolô VI, vào ngày 6 tháng 6 năm 1968, đã tuyên bố là những lời quả quyết của bà Guarducci là đáng tin. Ngài cũng lập lại lập trường này sau đó vài lần nữa.